关于公司停工期间发放最低工资并扣除五险一金是否合法，需要结合具体情况判断。公司停工发最低工资在一定条件下是合法的。1.如果公司停工属于《工资支付暂行规定》第十二条所指的“非因劳动者原因造成单位停工、停产”，且在一个工资支付周期内的，公司应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资。超过一个工资支付周期的，若劳动者提供了正常劳动，则支付给劳动者的劳动报酬不得低于当地的最低工资标准；若劳动者没有提供正常劳动，公司应按国家有关规定计发生活费（通常不低于最低工资的70-80%，具体标准依地方规定）。2.若公司与员工就停工期间的工资标准及五险一金缴纳达成一致，并通过书面形式变更了劳动合同，则按双方约定执行，但约定的工资标准不得低于当地最低工资标准的强制性规定。
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在判断公司停工期间发放最低工资并扣除五险一金是否合法时，存在一些特殊情况或例外情形会影响处理结果。1.公司单方面停工且未协商一致：如果公司并非因不可抗力（如自然灾害）或法定经营困难等合法原因停工，而是单方面、无正当理由决定停工，并直接降低工资至最低工资标准，且未与员工或工会协商一致，这种情况属于违法变更劳动合同，员工有权要求公司按原劳动合同约定支付工资，并可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。2.员工未提供正常劳动的情形：若停工超过一个工资支付周期，且员工没有提供正常劳动，公司应按国家有关规定计发生活费，而非最低工资。例如，某些地方规定生活费标准为最低工资的70%，此时公司若仍按最低工资标准发放（并扣除五险一金后可能更低），则可能不符合地方规定，需按生活费标准执行。3.地方特殊规定：不同地区对于停工期间工资支付和五险一金缴纳可能有特殊规定。例如，部分地区明确要求停工期间五险一金的个人缴纳部分由员工承担，公司缴纳部分由公司承担，若公司所在地有此类细化规定，则需优先适用地方规定，这也会影响对公司行为合法性的判断。
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公司停工期间发放最低工资的合法性，主要依据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定。《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条（2012年修正版）规定：“用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。变更后的劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份。”公司停工属于对劳动合同中工作条件和劳动报酬的变更。若公司停工是因经营困难、自然灾害等合法原因，且与员工协商一致变更了工资标准为最低工资，并书面确认，则符合该条法律规定，是合法的。反之，若公司单方面、无合法理由停工并降低工资至最低工资，则未与劳动者协商一致，违反了该条关于变更劳动合同需协商一致并采用书面形式的规定，属于违法行为。
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在面对公司停工、发放最低工资并扣除五险一金的情况时，员工常因不了解法律规定而采取一些错误操作。1.消极怠工或自行离职：有些员工认为公司做法不合法，便采取消极怠工或直接自行离职的方式对抗。然而，消极怠工可能违反公司规章制度，自行离职则可能无法获得经济补偿金，反而损害自身权益。2.忽视证据收集：员工未及时收集和保存公司停工通知、工资条、沟通记录等关键证据，导致在后续维权（如劳动仲裁）时因证据不足而难以证明公司存在违法行为。3.超过仲裁时效：劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。若员工未在时效内提出仲裁申请，可能丧失通过法律途径维权的机会。如果您发现公司的做法可能侵犯了您的合法权益，建议不要采取上述错误操作，而是尽快向专业律师咨询，了解正确的维权途径和方法。

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