个人所得税申诉的撤销处理，可能受以下特殊情况影响，需具体问题具体分析：
1. 税务机关已启动稽查程序：若申诉涉及较大金额或被怀疑偷逃税，税务机关已正式立案稽查，即便纳税人申请撤销，依据《税务稽查工作规程》第五十四条，稽查程序仍会继续，不会因申诉撤销而终止，纳税人需配合调查并承担相应法律责任。
2. 扣缴义务人已对申诉提起异议：例如纳税人因收入明细不符申诉扣缴义务人，而扣缴义务人已提供相反证据（如真实工资发放记录）并提出异议，税务机关会对双方证据进行实质审查。此时纳税人申请撤销申诉，需经税务机关综合评估，若认定扣缴义务人证据充分，可能驳回撤销申请并直接作出申诉处理决定。
3. 撤销申诉涉及第三方利益：比如申诉的收入涉及共同经营所得或家庭共有财产分配，撤销申诉可能影响其他共有人的纳税权益。税务机关会通知第三方并听取其意见，导致撤销流程延长或需满足额外条件（如第三方书面同意）。
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撤销个人所得税申诉的方式，一般可通过个人所得税APP在线办理，或向税务机关提交书面申请。以下结合不同情况详细说明：
1. 若在APP提交申诉后税务机关尚未受理：直接登录APP，依次进入“我要查询”→“其他查询”→“申诉记录查询”，找到对应记录点击“撤销申诉”即可。
2. 若申诉已被受理但税务机关尚未处理：需向原受理税务机关提交书面《撤销个人所得税申诉申请书》，说明撤销理由（如申诉信息有误、已与扣缴义务人协商解决等），并附上本人身份证明材料。
3. 若税务机关已作出处理决定：通常无法直接撤销，需通过行政复议或行政诉讼等途径解决，但需在法定期限内提出。
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撤销个人所得税申诉的操作，其法律依据主要来自《中华人民共和国税收征收管理法》及相关规定。
《中华人民共和国税收征收管理法》第八条明确：“纳税人、扣缴义务人有权向税务机关了解国家税收法律、行政法规的规定以及与纳税程序有关的情况。纳税人、扣缴义务人有权要求税务机关为纳税人、扣缴义务人的情况保密。税务机关应当依法为纳税人、扣缴义务人的情况保密。纳税人依法享有申请减税、免税、退税的权利。纳税人、扣缴义务人对税务机关所作出的决定，享有陈述权、申辩权；依法享有申请行政复议、提起行政诉讼、请求国家赔偿等权利。”在个人所得税申诉撤销中，纳税人作为税务行政相对人，有权在申诉处理完毕前撤回申诉请求，这是行使陈述权、申辩权的体现。若申诉已进入税务机关调查程序，纳税人提交书面撤销申请，经税务机关审查确认撤销理由合法（如无规避纳税义务等情形），则可终止申诉处理，此过程符合税收征管法对纳税人权利保护的原则。
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撤销个人所得税申诉存在以下法律风险点，需加以注意：
1. 税务机关认定撤销理由不合法的风险：例如纳税人实际存在少缴税款，却为逃避核查虚假申诉后又申请撤销，税务机关可能认定其滥用申诉权利，依据《税收征收管理法》第六十三条，将其行为定性为偷税，追缴税款、滞纳金并处罚款。
2. 撤销后无法重新申诉的时效风险：若纳税人撤销申诉后发现新证据证明原申诉事项有误，但已超过法定申诉期限（如自知道或应当知道纳税争议之日起60日内），根据《税务行政复议规则》第三十二条，将丧失再次通过申诉或复议维权的权利，导致无法追回多缴税款。

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